知网查重系统中绿色标记被视为重复的原因主要是因为绿色标记代表的内容与已有文献相似度较高，可能存在抄袭嫌疑。在学术领域中，抄袭是被严格禁止的行为，因此知网查重系统将绿色标记的内容也算入重复，以保证学术诚信。

此外，知网查重系统为了确保学术论文的原创性和独立性，会对文献中的绿色标记进行严格筛查，一旦发现相似度较高的内容，就会被标记为重复。因此，作者在撰写论文时应当注意避免与他人文献雷同，以免影响论文的查重结果和学术声誉。